巴拿马城有众多的博物馆，在现代背景下配上独特的景点。 巴拿马城许多博物馆的设施都是世界一流的，可从市中心的大多数地方乘坐出租车或巴士轻松到达。
巴拿马运河博物馆
博物馆位于一栋度假建筑中，展示了巴拿马运河从建筑到现代运营的历史。 它位于巴拿马城的旧城区，可以让游客详细了解运河的历史，包括运河开发和建设的各个阶段（法国和美国时期）以及许多原始文档、图片以及与发展和持续管理有关的更多资料。
巴拿马生物多样性博物馆
博物馆着眼于整个巴拿马的自然历史，参观的游客肯定会首先注意到独特的建筑设计。 博物馆于2014年开放，由弗兰克·盖里负责设计。 博物馆包括巴拿马的自然和文化历史有关的展品，各种各样的展品讲述巴拿马的故事，从巴拿马的诞生和崛起到现代作为大西洋与太平洋连接者的重要角色。
当代艺术博物馆
当代艺术博物馆是巴拿马唯一一家集中于当代艺术的博物馆。 展览重点来自巴拿马以及拉丁美洲各地的艺术品。 博物馆非常大，以举办与文化和遗产有关的各种活动而闻名，展览不时更新。 之前的展览包括从电影放映到日本动漫展览。
